La ermita del humilladero data de los primeros años después de la fundación. Fue en sus inicios sencilla, pequeña y cubierta de paja, con el tiempo la piedad de los fieles la fueron enriqueciendo paulatinamente.
En 1605 a 1613 se realizaron los trabajos de la albañilería que convertirían a la humilde ermita en una iglesia suficientemente, amplia y digna para albergar una de las joyas más valiosas y veneradas por el pueblo pamplonés: la talla del santo Cristo del humilladero, obra renacentista europea de la primera mitad del siglo XVI. Probablemente de alguno de los escultores españoles, aunque algunos críticos la relacionan con la escuela italiana. Acompañan a la imagen las esculturas de los dos ladrones, tallados en la ciudad por el maestro Juan Bautista Guzmán en el año 1595.
